L'écosystème de la lagune comporte des zones d'eau salée, proches de la mer, des zones d'eau douce, prés des fleuves et des zones plus ou moins saumatres, entre les deux. A chacun de ses milieux, correspond une faune particulière.

Les fleuves apportent beaucoup de nutriments (azote, sels nutritifs et phosphore). Le phytoplancton nourrit une multitude de petits animaux (crustacés, mollusques ou vers), eux-mêmes servant de nourriture à des animaux plus grands.

On trouve donc une faune extraordinairement riche et variée : canard mazorin, le colvert, le pilet, le siffleur, le souchet, des chevaliers gambette ou d'Italie, fuligules mirouins, nyroca, cygne tuberculé, oie rieuse, oie des moissons et oie cendrée, le héron cendré, le pourpré, le butor, l'aigrette Garzette, le busard (ou faucon des marais), mais aussi des mammifères tels que chauve-souris, comme la pipistrelle de Nathusius, des belettes et des ragondins.

Certaines espèces sont sédentaires, d'autres migratrices.

Attention: la lagune n'est pas un zoo, les animaux sont sauvages et donc, pour certains, difficiles à observer.